La Unidad Educativa Fiscal Experimental "Dr. Alfredo Baquerizo Moreno" a través de sus 50 años de vida institucional ha evidenciado mantenerse a la vanguardia de las innovaciones curriculares.
La Institución SE INICIA el 7 de Noviembre de 1958 con el nombre de Emilio Estrada.
NACE oficialmente en 1960 con el nombre de Escuela Municipal No. 40 "Dr. Alfredo Baquerizo Moreno”.
1964.- La Escuela adoptó el sistema de maestros asociados (Primera innovación). 
1966.- Se crea el nivel Pre-escolar por primera vez en una Escuela Municipal (Segunda innovación). 
1982.- Creación de Educación Especial con el Aula de Recursos Psicopedagógicos para atender a estu¬diantes con problemas específicos de aprendizaje (Tercera innovación).
1985.- La Escuela pasa a ser Fiscal mediante convenio entre la M. I. Municipalidad y el Ministerio de Educación y Cultura.
1987.- Mediante resolución Ministerial N° 2829 se crea el Colegio de Ciclo Básica matutina Iván Mesec, en el Barrio Cristo del Consuelo, de esta ciudad, que funcionará en la Escuela Fiscal N° 340 y ¡unto con ésta formará la Unidad Educativa Básica - Escuela de Nueve Grados - (Cuarta innovación).
1989.- Mediante Acuerdo N° 0207 de abril 28 de mil novecientos ochenta y nueve cambia el nombre de la Unidad Educativa Básica de nueve grados Iván Mesec por el de Dr. Alfredo Baquerizo Moreno.
1990.- Se expide el decreto Ministerial N° 3030 mediante el cual se eleva al plantel a la categoría de Experimental con el nombre de Unidad Educativa Básica Experimental Dr. Alfredo Baquerizo Moreno (Quinta innovación).
2006.- Considerando el grave problema que causa la no zonificación de los estudiantes al término de la educación básica, la superioridad y docentes de la Unidad se han visto en la obligación de aceptar el clamoroso pedido de alumnos y padres de familia de solicitar la creación del Bachillerato a las autoridades competentes de educación.
La institución presenta el Proyecto Educativo Institucional para el periodo 2006 - 2007, con el proyecto curricular para la creación del Bachillerato.
2008.- Mediante Acuerdo N° 158 de fecha 31 de Julio, emitido por la Subsecretaría Regional de educación del Litoral, autoriza oficialmente el cambio de denominación como Unidad Educativa Fiscal Experimental.
2010.- Mediante Acuerdo N° 057 de fecha 7 de Abril, emitido por la Subsecretaría Regional de educación del Litoral, autoriza oficialmente el funcionamiento de Primero Común, y el Segundo y Tercer cursos de Ciclo Diversificado, bachilleratos en Ciencias y Técnico en Comercio y Administración, especializaciones: Químico Biológicas, con Auxiliarías en Primeros Auxilios, Contabilidad e Informática, en su orden, jornada matutina.
2013.- Se implementa las jornadas Matutina (07:15 a 12:35) y Vespertina (13:00 a 18:00).